常日頃からLimechatを常用させて頂いております。

まず、ログのURL認識に関する問題です。
URL中に括弧、つまり()が含まれると
(の部分で認識されるアドレスが着られてしまい、
それ以下の部分がURLとして認識されないようです。
ex.)　http://hogehoge.jp/foo/bar(1).html の場合、
http://hogehoge.jp/foo/bar　までしかURLとして認識されない。

次にLimechat1からの移行時に関する話なのですが、
#hoge:*.jp というチャンネル名の設定を引き継ぐと
%hoge というチャンネル名として認識され
自動OP等の設定が正しく引き継がれないようです。
自分が移行したのはしばらく前のバージョンなので
最新版では直っていたらすいません。
(Ver2.12辺りまでの複数のバージョンで確認しました)
こちらも誰も報告されていなかったようなので
一応報告させていただきます。