不具合か仕様か判別がつきませんが、報告させて頂きます。
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LimeChatで用意されているチャンネル入室方法である
　[メニュー]->[チャンネル]->[チャンネルの追加]
のウィンドウから、パスワードを必要とするチャンネルに入室した場合、
LimeChatの設定にパスワードが保存されます。
従って、次回起動時にチャンネルを選択して[入る]を選択するのみで入室可能です。

一方、
一般的なチャンネル入室方法である
　[join CHANNEL PASSWORD]
の様な、joinコマンドの発行でチャンネルに入室した場合、
LimeChatの設定としてチャンネル名のみ保存され、パスワードが保存されません。
従って、次回起動時にチャンネルを選択して[入る]を選択すると、
　「*Error(475) CHANNEL Cannot join channel (+k)」
の様なエラーとなります。

一応、[チャンネルのプロパティ]よりパスワードを設定し、保存することによって回避が可能です。