この現象は、Windows XP、Windows 2003 のバグです。

Windows2003 では Luna をオフにしても、comctl32.dll のバージョン6を使用してしまうために、再変換で同じ問題が発生します。337 で回答した通りの回避策をとることで、LimeChat 1 相当の動作にすることができます。

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<assembly xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1" manifestVersion="1.0" />

という内容の LimeChat2.exe.manifest というファイルを LimeChat2.exe と同じ場所に置いて、バージョン6の comctl32.dll を利用しないようにしてください。

素早い対応ありがとうございます。
お手数をお掛けして申し訳ありません。

件の対策は既に試しましたが、改めてファイルアクセスを監視してみた所、どうやら外部のmanifestを読みに行っていないようで期待する動作は実現できませんでした。
試した限りでは状況に関わらず内部のmanifestに従って6.xのcomctl32.dllを読み込んでしまいます。
当方が何か致命的なミスないし勘違いをしているか、さもなくば2k3とXPで挙動が違うのかも知れません。

レポートありがとうございます。

利用されている環境では、外部の manifest ファイルを読みに行っていないということですね。XP と 2003 で挙動が違うというのは、十分に考えられると思います。こちらでも調査してみます。